六甲鄉之命名據傳說乃三百六十年前，鄭成功參軍陳永華駐軍在此，開墾荒地，最初開墾面積有二甲、六甲、七甲不等，於是以面積為村號，后遂沿稱為二甲、六甲、七甲等村合併為一鄉，六甲位屬中心，故稱為六甲鄉。
本鄉住民祖先來自福建，清初台灣隸屬福建省，設台府而分置三縣，本鄉隸屬諸羅縣赤山堡轄，自1895年日治之後改為嘉義縣六甲警察署轄內，自1900年11月廢署廳，時改歸為鹽水港廳，當時稱為六甲區。1908年廢廳合縣，復改歸屬台南廳六甲支廳轄內。1920年10月1 日地方制度改正，改為台南州曾文郡六甲庄。1945年改為六甲鄉。
